Koleje Mazowieckie są pierwszym samorządowym przewoźnikiem kolejowym w Polsce. Spółka została powołana 29 lipca 2004 r. przez Samorząd Województwa Mazowieckiego i „PKP Przewozy Regionalne” sp. z o.o. 8 stycznia 2008 r. Samorząd Województwa Mazowieckiego stał się jedynym właścicielem Kolei Mazowieckich. Od chwili powstania, Koleje Mazowieckie konsekwentnie realizują program mający na celu organizację komunikacji kolejowej odpowiadającej potrzebom mieszkańców Mazowsza. Na proces podnoszenia jakości świadczonych usług, zapoczątkowany wprowadzeniem własnej taryfy przewozowej i opracowaniem cyklicznego rozkładu jazdy, złożyły się m.in.: reaktywacja zawieszonych połączeń kolejowych, wprowadzenie oferty „Wspólny Bilet ZTM – KM” oraz zakup nowoczesnego taboru.


W latach 2005–2009 Koleje Mazowieckie reaktywowały liczne, zawieszone wcześniej, połączenia kolejowe. Obecnie podróżni mogą korzystać m.in. z pociągów uruchamianych w relacjach: Nasielsk–Sierpc, Kutno–Płock oraz Warszawa–Góra Kalwaria. Dodatkowo w 2005 r. rozpoczęto prace nad wprowadzeniem oferty „Wspólny Bilet ZTM – KM”. Celem oferty jest umożliwienie mieszkańcom aglomeracji warszawskiej podróżowania zarówno pociągami Kolei Mazowieckich, jak i środkami komunikacji miejskiej, na podstawie jednego biletu.


Od 2008 r. pasażerowie Kolei Mazowieckich mogą również podróżować nowoczesnymi pociągami złożonymi z elektrycznych zespołów trakcyjnych Flirt lub piętrowych wagonów typu „push-pull”. Strategia realizowana przez Koleje Mazowieckie zaowocowała znacznym wzrostem liczby podróżnych z 40 mln w 2005 r. do ponad 51 mln w 2009 r. Obecnie Koleje Mazowieckie zajmują, pod względem liczby przewiezionych podróżnych, 2 pozycję wśród przewoźników kolejowych w Polsce.